El Dr. García-Borreguero, realizó sus estudios de medicina en la Universidad de Navarra, donde se graduó en 1984. Posteriormente se especializó entre 1986 y 1990 en Neurología y Psiquiatría en el Instituto Max-Planck de Munich (Alemania), donde simultáneamente realizó investigación en Neurofarmacología, obteniendo la Tesis Doctoral en la Universidad de Munich en 1988 con la calificación “Cum Laude”. Entre 1990 y 1995 se especializó en EEUU en el National Institutes of Health de Bethesda y en Georgetown University en Medicina del Sueño.
Entre 1995 y 2005 dirigió la Unidad de Sueño (Servicio de Neurología) de la Fundación Jiménez Díaz, hospital adscrito a la Universidad Autónoma de Madrid. Durante su estancia al frente de la Unidad de Sueño de la FJD, ésta se convirtió en una de las unidades más completas de España tanto por su dotación instrumental y humana, como por su actividad de investigación centrada principalmente en las alteraciones del movimiento durante el sueño, así como en las hipersomnias. Desde 2005 dirige el Instituto de Investigaciones del Sueño, centro desde el que ha continuado y afianzado su prestigio en el área de las alteraciones neurológicas del sueño tanto en lo relacionado con la investigación como con su práctica clínica. El Dr García-Borreguero ha sido presidente de la Sociedad Española de Sueño, y lo es del prinicipal grupo mundial de expertos sobre Síndrome de Piernas Inquietas, el International Restless Legs Study Group (www.irlssg.org). Entre 2004 y 2008 fue secretario de la European Sleep Research Society, sociedad con la que colabora activamente en diversas comisiones relacionadas con la práctica de la Medicina del Sueño en Europa. Asimismo, es miembro electo (Fellow) de la American Academy of Sleep Medicine y ha sido coordinador del Grupo de Trastornos del Sueño de la Sociedad Española de Neurología.
A nivel mundial, el Dr García-Borreguero es uno de los líderes de opinión en el área de los trastornos del movimiento durante el sueño, y publica cada año numerosas publicaciones internacionales sobre el tema. Imparte regularmente cursos y conferencias en Europa, EEUU y Asia y realiza una intensa labor de divulgación sobre el tema en medios de comunicación nacionales y extranjeros.